I GMM sono potenti ma si basano su ipotesi gaussiane. Affinché i GMM rappresentino bene i dati, i cluster devono essere ellittici e le densità tra i cluster uniformi. I cluster con forme non ellittiche o dati con sezioni molto dense e sparse potrebbero non essere rappresentati bene da un GMM.
Quando utilizzati per il cluster, i GMM sono simili al cluster k-means pur presentando alcune differenze chiave. Innanzitutto, a differenza di k-means, che assegna ogni punto a un cluster, i GMM danno probabilità di appartenenza a ciascun cluster. Questo fenomeno è chiamato “soft cluster”. Poiché i cluster possono essere sia ellittici che sovrapposti, i GMM sono spesso più flessibili e consentono una maggiore incertezza nei boundary dei cluster.
Per i dati binari o categorici, i GMM non funzionano bene, ma un approccio simile che utilizza le distribuzioni di Bernoulli o le distribuzioni multinomiali può adattarsi bene ai dati. Al contrario, questi tipi di modelli non si adattano ai dati costituiti da variabili continue, mentre un GMM spesso si adatta bene ai dati.
Poiché i GMM cercano di stimare i parametri delle distribuzioni gaussiane, alcuni dati saranno meglio modellati utilizzando un metodo non parametrico come la stima della densità del kernel (KDE). Un KDE non fa alcuna ipotesi sulle distribuzioni di cluster o sulle sottopopolazioni, stimando invece la densità per piccoli kernel locali su ogni punto dati. Questo approccio è utile quando i dati sono costituiti da distribuzioni complesse senza assumere alcuna forma particolare.
Un'estensione di GMM è il variational autoencoder (VAE), un modello generativo che apprende distribuzioni latenti flessibili. In un VAE, l'obiettivo generale è lo stesso, ma un VAE non utilizza l'EM. Un VAE utilizza un framework probabilistico di codificatore-decodificatore per apprendere rappresentazioni latenti nello stesso modo in cui un GMM assegna pesi misti per ogni punto dati. La differenza principale è che l'EM richiede che la probabilità a posteriori possa essere calcolata, mentre in un VAE non è così, il che lo rende molto più flessibile. Il compromesso è che l'addestramento di un VAE è spesso più complesso e richiede molto tempo.