Os GMMs são poderosos, mas dependem de suposições gaussianas. Para que os GMMs representem bem os dados, os clusters precisam ser elípticos, e as densidades entre os clusters precisam ser suaves. Clusters com formas não elípticas ou dados com seções altamente densas e esparsas podem não ser bem representados por um GMM.
Quando usados para agrupamento, os GMMs são semelhantes ao agrupamento k-means, mas têm várias diferenças importantes. Primeiro, diferentemente do k-means, que atribui cada ponto a um cluster, os GMMs fornecem probabilidades de pertencer a cada cluster. Isso é chamado de "agrupamento suave". Como os clusters podem ser tanto elípticos quanto sobrepostos, os GMMs são frequentemente mais flexíveis e permitem mais incertezas nos boundaries dos clusters.
Para dados binários ou categóricos, os GMMs não funcionam bem, mas uma abordagem semelhante usando distribuições de Bernoulli ou distribuições multinomiais pode ajustar bem os dados. Por outro lado, esses tipos de modelos não se ajustarão a dados que consistem em variáveis contínuas, onde um GMM muitas vezes ajustará bem os dados.
Como os GMMs tentam estimar os parâmetros das distribuições gaussianas, alguns dados serão mais bem modelados usando um método não paramétrico, como a estimativa de densidade kernel (KDE). Uma KDE não faz nenhuma suposição sobre as distribuições de clusters ou subpopulações; em vez disso, estima a densidade sobre pequenos kernels locais em cada ponto de dados. Essa abordagem é útil quando seus dados consistem em distribuições complexas sem assumir nenhuma forma específica.
Uma extensão do GMM é o autocodificador variacional (VAE), que é um modelo generativo que aprende distribuições latentes flexíveis. Em um VAE, o objetivo geral é o mesmo, mas um VAE não usa EM. Um VAE utiliza um framework probabilístico de codificador-decodificador para aprender representações latentes da mesma maneira que um GMM atribui pesos da mistura para cada ponto de dados. A principal diferença é que o EM exige que a probabilidade posterior possa ser calculada, enquanto em um VAE esse não é o caso, tornando-o muito mais flexível. A desvantagem é que um VAE geralmente é mais complexo e demorado de treinar.