Sebbene l'agentic RAG ottimizzi i risultati con la chiamata di funzione, il ragionamento a più fasi e i sistemi multiagente, non è sempre la scelta migliore. Più agenti al lavoro di traducono in maggiori spese e un sistema agentic RAG prevede solitamente l'acquisto di più token. Mentre l'agentic RAG può accrescere la velocità rispetto alla RAG tradizionale, gli LLM introducono anche la latenza, poiché il modello può impiegare più tempo per generare i suoi output.
Infine, gli agenti non sono sempre affidabili. Potrebbero avere difficoltà e persino non riuscire a completare le attività, a seconda della complessità e degli agenti utilizzati. Gli agenti non sempre collaborano in modo fluido e possono competere per le risorse. Più agenti ci sono in un sistema, più complessa diventa la collaborazione, con una maggiore possibilità di complicazioni. E anche il sistema RAG più affidabile non può eliminare completamente il rischio di allucinazioni.