Los GMM son potentes, pero se basan en suposiciones gaussianas. Para que los GMM representen bien los datos, los clústeres deben ser elípticos y las densidades en los clústeres deben ser suaves. Es posible que un GMM no represente bien los clústeres con formas no elípticas o datos con secciones muy densas y dispersas.
Cuando se utilizan para agrupación en clúster, los GMM son similares a la agrupación k-means, pero tienen varias diferencias clave. En primer lugar, a diferencia de k-means, que asigna cada punto a un clúster, los GMM dan probabilidades de pertenecer a cada clúster. Esto se denomina "clúster suave". Dado que los clústeres pueden ser tanto elípticos como superpuestos, los GMM suelen ser más flexibles y permiten una mayor incertidumbre en los límites de los clústeres.
Para datos binarios o categóricos, los GMM no funcionan bien, pero un enfoque similar que utilice distribuciones de Bernoulli o distribuciones multinomiales puede ajustarse bien a los datos. Por el contrario, esos tipos de modelos no se ajustarán a datos que consisten en variables continuas donde un GMM a menudo se ajustará bien a los datos.
Dado que los GMM intentan estimar los parámetros de las distribuciones gaussianas, algunos datos se modelarán mejor utilizando un método no paramétrico como la estimación de densidad del kernel (KDE). Un KDE no hace ninguna suposición sobre las distribuciones de clústeres o subpoblaciones, sino que estima la densidad sobre pequeños kernels locales en cada punto de datos. Este enfoque es útil cuando sus datos consisten en distribuciones complejas sin asumir ninguna forma particular.
Una extensión de GMM es el autocodificador variacional (VAE), que es un modelo generativo que aprende distribuciones latentes flexibles. En un VAE, el objetivo general es el mismo, pero un VAE no utiliza EM. Un VAE utiliza una infraestructura de codificador-decodificador probabilístico para aprender representaciones latentes de la misma manera que un GMM asigna ponderaciones mixtas para cada punto de datos. La principal diferencia es que EM requiere que se pueda calcular la probabilidad posterior, mientras que en un VAE ese no es el caso, lo que lo hace mucho más flexible. La contrapartida es que un VAE suele ser más complejo y requiere más tiempo de entrenamiento.