Los GMM son potentes, pero se basan en suposiciones gaussianas. Para que los GMM representen bien los datos, los clústeres deben ser elípticos y las densidades entre los clústeres deben ser suaves. Los clústeres con formas no elípticas o datos con secciones muy densas y dispersas pueden no estar bien representados por un GMM.
Cuando se utilizan para el clustering, los GMM son similares al clustering de medias k, pero tienen varias diferencias clave. En primer lugar, a diferencia de los k-means, que asignan cada punto a un clúster, los GMM dan probabilidades de pertenecer a cada clúster. Esto se denomina "clustering suave". Dado que los clústeres pueden ser tanto elípticos como superpuestos, los GMM suelen ser más flexibles y permiten una mayor incertidumbre en los límites de los clústeres.
Para datos binarios o categóricos, los GMM no funcionan bien, pero un enfoque similar que utilice distribuciones de Bernoulli o distribuciones multinomiales puede ajustarse bien a los datos. Por el contrario, esos tipos de modelos no se ajustarán a los datos que consisten en variables continuas, mientras que un GMM a menudo se ajustará bien a los datos.
Dado que los GMM intentan estimar los parámetros de las distribuciones gaussianas, algunos datos se modelarán mejor utilizando un método no paramétrico como la estimación de la densidad del kernel (KDE). Un KDE no hace ninguna suposición sobre las distribuciones de clústeres o subpoblaciones, sino que estima la densidad sobre pequeños núcleos locales en cada punto de datos. Este enfoque es útil cuando sus datos consisten en distribuciones complejas sin asumir ninguna forma particular.
Una extensión de GMM es el autocodificador variacional (VAE), que es un modelo generativo que aprende distribuciones latentes flexibles. En un VAE, el objetivo general es el mismo, pero un VAE no utiliza EM. Un VAE utiliza un marco codificador-decodificador probabilístico para aprender representaciones latentes de la misma manera que un GMM asigna ponderaciones mixtas para cada punto de datos. La principal diferencia es que EM requiere que se pueda calcular la probabilidad posterior, mientras que en un VAE ese no es el caso, lo que lo hace mucho más flexible. La desventaja es que un VAE suele ser más complejo y requiere más tiempo para entrenarlo.