A interpretabilidade traz alguns desafios e limitações.
Frequentemente, há uma compensação entre o desempenho e a interpretabilidade do modelo. Modelos mais simples ou de caixa branca são mais interpretáveis, mas podem ter menor precisão em comparação com modelos complexos de caixa preta, como redes neurais profundas.
A interpretabilidade também sofre com a falta de padronização. Diferentes métodos podem fornecer diferentes explicações para o mesmo modelo, tornando difícil compará-los e validá-los sem frameworks formais. E a interpretabilidade é frequentemente subjetiva. O que pode ser considerado fácil de entender para um usuário pode não ser suficiente para outro.
Alguns especialistas dizem que a interpretabilidade não é necessária em alguns casos ou pode ser contraproducente em outros. Se o modelo for privado ou não tiver impacto significativo, ou se o problema já for objeto de um estudo muito aceito, uma maior interpretabilidade pode ser redundante ou desnecessária. Em alguns casos, uma maior interpretabilidade pode apresentar preocupações de segurança, pois mais transparência pode permitir que agentes mal-intencionados explorem um sistema ou pode permitir que usuários manipulem o sistema de uma forma que prejudique sua eficácia.