L’interprétabilité a son lot de défis et de limites.
Il faut souvent trouver un compromis entre les performances du modèle et son interprétabilité. Les modèles Simpler ou en boîte blanche sont plus interprétables mais peuvent être moins précis que les modèles boîte noire complexes du type Neural Networks profonds.
L’interprétabilité souffre également d’un manque de standardisation. Différentes méthodes peuvent fournir des explications différentes pour un même modèle, ce qui rend difficile leur comparaison et leur validation en l'absence de cadres formels. De plus, l'interprétabilité est souvent subjective. Ce qui peut être considéré comme facilement compréhensible par un utilisateur peut ne pas l'être suffisamment pour un autre utilisateur.
Selon certains experts, l'interprétabilité n'est pas nécessaire dans tous les cas, voire contre-productive dans certains cas. Si le modèle est privé ou n'a pas d'impact significatif, ou si le problème fait déjà l'objet de nombreuses études acceptées, une plus grande interprétabilité pourrait être superflue ou inutile. Dans certains cas, une plus grande interprétabilité pourrait présenter des risques pour la sécurité, car une plus grande transparence pourrait permettre aux acteurs malveillants d'exploiter un système ou permettre aux utilisateurs de contourner le système de manière à en compromettre l'efficacité.