Anche la configurazione dei protocolli di rete ha un impatto sulle prestazioni. Le impostazioni TCP/IP di una rete possono essere regolate per determinare le dimensioni dei pacchetti e i meccanismi di controllo della congestione, in modo da ridurre la latenza e aumentare l'affidabilità. L'ottimizzazione TCP/IP comporta anche il ridimensionamento delle finestre. Il protocollo TCP è progettato per garantire che un mittente di dati veloce non superi un destinatario più lento. A tale scopo, il mittente trasmette i dati in uno o più segmenti al destinatario, che li riconosce. Quando il destinatario invia la conferma del riconoscimento, indica al mittente quanti dati deve trasmettere: questa è la dimensione della finestra. Regolare la finestra alla dimensione appropriata per evitare il sovraccarico dei dispositivi può migliorare le prestazioni complessive di un network.
Sebbene il protocollo di controllo della trasmissione (TCP) sia utilizzato principalmente su Internet, esiste anche un protocollo del datagram utente (UDP). TCP è un protocollo basato sulla connessione, mentre UDP è senza connessione. In confronto, UDP è più veloce di TCP, ma UDP non consente la ritrasmissione dei pacchetti di dati persi. Il TCP è un protocollo generalmente più affidabile.
Un'organizzazione può anche prendere in considerazione la possibilità di modificare il proprio IP da IPv4 a IPv6. IPv4 utilizza un indirizzo a 32 bit, mentre IPv6 utilizza un indirizzo a 128 bit. Ciò consente a più indirizzi di accompagnare il crescente numero di indirizzi IP univoci necessari sull'Internet odierno.
IPv6 include anche altri miglioramenti rispetto a IPv4. Ad esempio, IPv6 consente in modo nativo il multicasting, ovvero l'invio di pacchetti di dati a più dispositivi contemporaneamente, e dispone di un livello integrato di sicurezza di rete utilizzando IPsec per la crittografia end-to-end nativa.