Il processo dell'ingegneria dei sistemi basato su modelli è composto da una serie di fasi interconnesse che guidano lo sviluppo del sistema dal concetto al completamento.
Anzitutto, gli stakeholder definiscono gli obiettivi del sistema e il contesto in cui funzionerà. Tali esigenze vengono poi tradotte in requisiti di sistema specifici e misurabili. Gli strumenti MBSE e il data modeling consentono la creazione di un modello dettagliato che soddisfi questi requisiti, in modo da garantirne la coerenza e l'allineamento con gli obiettivi nel complesso. Attraverso la progettazione dell'architettura del sistema, ne viene sviluppata la struttura complessiva.
Una volta realizzata l'architettura, inizia la progettazione più dettagliata dei singoli componenti. L'MBSE facilita la simulazione del comportamento del sistema, consentendo agli ingegneri di testare e perfezionare i progetti in un ambiente virtuale. In questo modo risulta più facile identificare e risolvere i problemi ancor prima della costruzione dei prototipi fisici.
Da qui, il sistema è costruito e assemblato, e utilizza il modello come riferimento per garantire la coerenza. Seguono processi di verifica, test e convalida per garantire che il sistema funzioni come previsto. Una volta implementati, i modelli MBSE possono essere utilizzati per supportare le attività di manutenzione ed eventuali aggiornamenti futuri, garantendo che il sistema continui a soddisfare le mutevoli esigenze nel corso del suo ciclo di vita.