A configuração dos protocolos de rede também afeta o desempenho da rede. As configurações de TCP/IP da rede podem ser ajustadas para determinar o tamanho dos pacotes e os mecanismos de controle de congestionamento que podem reduzir a latência e aumentar a confiabilidade da rede. A otimização de TCP/IP também envolve o redimensionamento de janelas. O protocolo TCP é projetado para garantir que um remetente rápido de dados não ultrapasse um receptor mais lento. Para isso, o remetente transmite dados em um ou mais segmentos para o receptor, que reconhece esses segmentos. Quando o receptor envia esse reconhecimento, ele informa ao remetente quanto dado deve ser transmitido; esse é o tamanho da janela. Ajustar o tamanho da janela de forma apropriada para evitar a sobrecarga dos dispositivos de rede pode melhorar o desempenho geral da rede.
Enquanto o protocolo de controle de transmissão (TCP) é usado principalmente na internet, também existe o protocolo de datagrama de usuário (UDP). O TCP é um protocolo baseado em conexão e UDP é sem conexão. Comparativamente, UDP é mais rápido que TCP, mas UDP não permite a retransmissão de pacotes de dados perdidos. TCP é geralmente um protocolo mais confiável.
Uma organização também pode considerar mudar seu IP de IPv4 para IPv6. O IPv4 utiliza um endereço de 32 bits, enquanto IPv6 utiliza um endereço de 128 bits. Isso permite que mais endereços acompanhem o crescente número de endereços IP únicos necessários na internet atual.
O IPv6 apresenta outras melhorias em comparação ao IPv4. Por exemplo, o IPv6 permite nativamente o multicasting, enviando pacotes de dados para múltiplos dispositivos ao mesmo tempo, e possui uma camada integrada de segurança de rede ao usar IPsec para criptografia nativa de ponta a ponta.