将 Docker 作业提交到 LSF

使用 Docker 应用程序概要文件 或队列 将 Docker 作业提交到 LSF。

1. 将作业提交到 Docker 应用程序概要文件或队列。
   • 使用 bsub -app 选项将作业提交到 Docker 应用程序概要文件 (即，具有 CONTAINER 参数的指定值的应用程序概要文件)。

     例如，如果在 dockerapp 应用程序概要文件中定义了 CONTAINER ，请运行以下命令以提交 Docker 作业:

     bsub -app dockerapp ./myjob.sh

   • 使用 bsub -q 选项将作业提交到 Docker 队列 (即，具有 CONTAINER 参数的指定值的队列)。

     例如，如果在 dockerq 队列中定义了 CONTAINER ，请运行以下命令以提交 Docker 作业:

     bsub -q dockerq ./myjob.sh

   如果在同一作业提交中同时指定应用程序概要文件和队列，那么应用程序概要文件中的 CONTAINER， EXEC_DRIVER和 DOCKER_IMAGE_AFFINITY 参数设置优先于队列中的相同参数设置。

   例如，如果使用以下命令提交作业，那么 dockerapp 应用程序概要文件中的参数将覆盖 dockerq 队列中的相应参数:

   bsub -app dockerapp -q dockerq ./myjob.sh

2. 如果允许用户在作业提交时为 Docker 容器作业指定映像名称 (即，如果在指定 image 关键字时使用 $LSB_CONTAINER_IMAGE 环境变量作为映像名称) ，请在作业提交时设置 LSB_CONTAINER_IMAGE 环境变量以指定 Docker 映像名称。

   通过使用下列其中一种方法设置 LSB_CONTAINER_IMAGE 环境，在作业提交时指定容器映像名称 (例如 ubuntu):

   • 根据 shell 环境指定 LSB_CONTAINER_IMAGE 环境变量。 例如，要指定名为 ubuntu的 Docker 映像，请按如下所示设置环境变量:
     • 在 csh 或 tcsh中:

       setenv LSB_CONTAINER_IMAGE ubuntu

     • 在 sh， ksh或 bash中:

       export LSB_CONTAINER_IMAGE=ubuntu

   • 使用 bsub -env 选项。 例如，要指定名为 ubuntu 的 Docker 映像

     bsub -env LSB_CONTAINER_IMAGE=ubuntu -app udocker a.out -in in.dat -out out.dat

   • 使用 esub 脚本设置 LSB_CONTAINER_IMAGE 环境变量，然后使用 bsub 命令调用 esub :
     例如，在 $LSF_SERVERDIR 目录中创建具有以下内容的 esub.docker 脚本:

     #!/bin/sh
     exec 1>&2
     echo "LSB_CONTAINER_IMAGE=\"$1\"" >> $LSB_SUB_MODIFY_ENVFILE

     通过运行以下命令，提交作业以调用 esub.docker 脚本:

     bsub -a "docker(ubuntu)" -app udocker a.out -in in.dat -out out.dat

3. 要使用 Docker 入口点映像提交作业，但不使用命令，请使用 LSB_DOCKER_PLACE_HOLDER 关键字代替命令。

   例如，运行以下命令以使用 Docker 入口点映像提交 Docker 作业:

   bsub -app dockerapp LSB_DOCKER_PLACE_HOLDER

4. 可选: 要在集群，队列或应用程序级别覆盖 Docker 映像亲缘关系设置，请在提交 Docker 作业时使用 -env 选项定义 LSB_DOCKER_IMAGE_AFFINITY 环境变量。

   LSB_DOCKER_IMAGE_AFFINITY=Y | y | N | n

   作业级别环境变量覆盖应用程序级别，而应用程序级别覆盖队列级别，而队列级别覆盖集群级别配置。

   bsub -env LSB_DOCKER_IMAGE_AFFINITY=N -app udocker a.out -in in.dat -out out.dat