将 R 部署到 IBM Db2 Warehouse

必须先将 R 部署到 Db2 Warehouse 系统，然后才能将 R 与 Db2 Warehouse 配合使用。请根据您需要的功能，使用下列其中一种或两种方法来部署 R。

方法 1: 在 Db2 Warehouse 容器或 Integrated Analytics System 容器中创建 R 实例。如果要将 R 与 Spark 配合使用，请使用这种方法。.
方法 2: 创建 RStudio® Docker 容器，并将其部署到 Db2 Warehouse 主机节点。如果要设置用于开发 R 脚本的集成式 RStudio 开发环境，请使用这种方法。

方法 1：在 Db2 Warehouse 容器中创建 R 实例

如果要使用 SparkR，必须在 Db2 Warehouse 容器中创建一个 R 实例。

如果已安装某个版本的 R，请移除此版本以及所有随附的库。
从 https://cran.r-project.org/mirrors.html 中选择一个位置。
在 Source Code for all Platforms 部分中，指示所要部署的 R 版本。
注： R V3.6.1 已通过测试并正确完成编译。
在 Docker 主机节点上，从 Db2 Warehouse 容器外部输入以下命令。
```
docker exec -it Db2wh /bin/bash
```
使用以下命令连接到 Db2 Warehouse 节点。
```
ssh user@host -p 50022
```
其中，user 是用户名，host 是 Docker 主机的名称。输入密码后，您将登录到相应的 Db2 Warehouse Docker 容器中。
将 R 源代码的副本下载到 /tmp 文件夹。例如，以下命令从 https://cran.uni-muenster.de/ 位置下载 R V3.6.1。
```
wget -P /tmp http://cran.uni-muenster.de/src/base/R-3/R-3.6.1.tar.gz
```
将源文件解压缩。
```
tar zx -C /tmp -f /tmp/R-3.6.1.tar.gz
```

输入以下命令，在 mkdir /mnt/blumeta0/R-Install 文件夹中编译并安装 R 环境。

cd /tmp/R-3.6.1
export LD_LIBRARY_PATH=
./configure --with-x=no --prefix=/mnt/blumeta0/R-Install/ --exec-prefix=/mnt/blumeta0/R-Install/
make prefix=/mnt/blumeta0/R-Install/ exec-prefix=/mnt/blumeta0/R-Install/R/ all install

通过输入以下命令，进入交互式 R Shell：
```
R --vanilla
```
为了能够使用 Apache Spark 运行 R 脚本，Db2 Warehouse 需要 RJSONIO 程序包、RODBC 程序包、ibmdbR 程序包和 ggplot2 程序包。要安装这些程序包，请从交互式 R Shell 中输入以下命令。
```
install.packages(c('RJSONIO', 'RODBC', 'ibmdbR', 'ggplot2'))
```

要安装另一个 R 程序包，请从交互式 R Shell 中输入以下格式的命令。

install.packages('package name', dependencies=TRUE)

例如，IBM® 提供了下列可以用于 Db2 Warehouse 的 R 程序包：

ibmdbRXt: 此程序包中包含对 ibmdbR 程序包的扩展，包括数据库内地理空间函数。有关此程序包、其先决条件以及如何安装的更多信息，请参阅 https://github.com/ibmdbanalytics/ibmdbRXt/。

要验证 R 安装：

装入 Spark 样本文件。
发出以下命令来提交验证 R 脚本：
```
spark-submit.sh ClusterVerify.R
```
记下上一条命令所返回的提交标识。
反复发出以下命令，以检查验证 R 脚本的状态：
```
spark-submit.sh --list-apps
```
继续发出此命令，直到具有相应提交标识的作业的 Status 列指出应用程序已结束为止。
发出以下命令以显示应用程序日志（请将 xxxxxxxxxxxxxxxxxxx 替换为作业提交标识）：
```
spark-submit.sh --display-app-log out xxxxxxxxxxxxxxxxxxx
```
如果已正确安装 R，那么日志会包含有关 Spark 集群的参考消息。

方法 2：创建并部署 RStudio Docker 容器

注：当 Db2 Warehouse 系统在 POWER® LE 硬件上运行时，不能使用这种方法。但是，您可以改用自己安装在本地的 R 开发环境。有关如何使用您自己的环境的更多信息，请参阅将 R 开发环境连接到 Db2 数据库。

RStudio 是可用于开发和运行 R 脚本的开发环境。如果要设置集成式 RStudio 环境以用于 Db2 Warehouse，请创建 RStudio Docker 容器并将其部署到 Db2 Warehouse 主机节点。