三向比較可顯示三種不同的資源版本之間的差異。在合併資源或同步化期間發生衝突時，這項特性最有用。當兩位開發人員從同一個分支新增某個版本至其工作台時發生衝突，然後每一位開發人員都會修改它，接著其中一位開發人員在另一位開發人員確定資源之後嘗試確定它。
發生這種情況時，您可以檢視三個資源版本之間的差異： 工作台中的資源、已在分支中確定的資源的版本，以及兩個衝突版本的共同上代。例如，如果因為兩位不同的開發人員建立並確定了名稱與路徑相同的資源而無法判定共同上代，則比較就變成雙向比較。
「同步化」視圖可讓您檢視兩個或三個檔案之間的差異。如果有共同上代，同步化視圖會執行三向比較。有可能的情況是，無法判定兩個衝突的資源版本的共同上代（例如，兩位不同的開發人員建立及確定有相同名稱和路徑的資源）。在此情況下，比較就變成一般的雙向比較。
在三向比較中，工作台會顯示：
在下圖中，文字比較窗格的頂端窗格內顯示共同上代。 您看到強調顯示的差異是工作台資源與共同上代比較起來有變更者，以及分支資源與共同上代比較起來有變更者。在全部三個檔案中不同的區段都被強調顯示為差異。 衝突以紅色顯示、送入變更以藍色顯示，送出變更則以灰色顯示。
建立 CVS 儲存庫位置
比較資源
與儲存庫同步化
合併比較編輯器中的變更
更新
解決衝突
設定比較檔案的喜好設定
比較資源和儲存庫的版本
