RStudio での作業と、デフォルトの Git 連携（ Watson Studio ）

デフォルトで Git が統合されたプロジェクト内で、RスクリプトやR Shinyアプリケーションを作成します。

R Shiny は、R から直接対話式 Web アプリケーションを簡単に開発できるようにする R パッケージです。 RStudio では、独自のデータ可視化ダッシュボードを作成する場合でも、デプロイメントスペースなどさまざまな場所にアプリケーションを公開する場合でも、Shiny アプリの作成、開発、改良を行うことができます。

R スクリプトと Shiny アプリの作成

プロジェクトで参照される Git リポジトリーは、プロジェクトの作成時に最初にプロジェクト・ストレージに複製されます。 userfsファイルの最新バージョンは、 Git リポジトリ内の「Files」ブラウザ（ RStudio GUIの右下）にある「.」という名前のフォルダで確認できます。 Git と同期するには、そのフォルダまたはそのサブフォルダ内のRファイルに対してすべての変更を行う必要があります。

重要:

クローンは、プロジェクトのアクション・バーの Git アイコン Git アイコン の横に表示される Git リポジトリー・ブランチからプルされます。

フォルダーまたはサブフォルダーに RShiny アプリ・ファイル ( app.R、 ui.R 、または server.Rという名前のファイル) が含まれている場合、そのフォルダー内のすべてのファイルは Shiny アプリ (.R ファイルを含む) に属していると見なされます。 それ以外の場合、すべての .R ファイルは R スクリプト資産と見なされます。

  1. オプション: 他のユーザーと同じファイルで作業する場合は、コラボレーターをプロジェクトに追加します。 コラボレーションを参照してください。

  2. オプション: Shiny アプリがデプロイされるたびにこれらのライブラリーがインストールされないようにするために、グローバル・ロケーション /cc-home/_global_/R の外部ネットワークから、または永続ストレージ・ボリュームに、Shiny アプリのソースとなる R ライブラリーをプリインストールします。 Shiny アプリをデプロイするときに、ストレージ・ボリュームに接続していることを確認してください。

  3. R スクリプトの処理を開始するには、以下のようにします

    1. 「新規ファイル」>「R スクリプト」 を選択するか、ローカル・マシンから R ファイルをアップロードします。
    2. ファイルの変更を保存します。 userfs/assetsの下にファイルを保存しないでください。 assets ディレクトリーは、プロジェクト資産に関連するファイル用に予約されています。
    3. ジョブを作成することで、 Git リポジトリにコミットする前にスクリプトをテストすることができます。 アセットページで 「ローカルブランチを表示」 を選択し、 「新しいコードジョブ 」ボタンをクリックすると、それらのスクリプトを実行するためのジョブを作成できます。

  4. または、次のようにして Shiny アプリで作業を開始します。

    1. 新規ファイル 「>」 Shiny Web アプリ ...をクリックします。 新しい Shiny アプリケーション作成ウィンドウがポップアップ表示されます。
    2. Shiny アプリケーションの名前を入力します。 「ディレクトリー内に作成 (Create within directory)」 設定は userfs のままにします。 Git リポジトリーとの同期を有効にするには、このディレクトリーまたはそのサブディレクトリーのいずれかで作業する必要があります。 /assets ディレクトリーで作業しないでください。 このディレクトリーは、プロジェクト資産に関連するファイル用に予約されています。 app.R と ui.R/server.R の両方に、アプリをビルドし、実行をテストできるサンプル・アプリを提供するために必要な指示が含まれています。
    3. アプリケーションが単純で、1 つのファイル内に含めることができる場合は、簡略化のために単一のファイル・アプリケーション (app.R) を作成することを選択できます。
    4. あるいは、アプリケーションがより複雑で、個別に異なるファセットを編集する必要がある場合は、複数のファイル (ui.R/server.R) を使用するアプリケーションを作成することを選択できます。
    5. 構成が完了したら、 「作成」をクリックします。
    6. 「アプリケーションの実行 (Run App)」をクリックして、アプリケーションの実行をテストできます。 「アプリの実行」をクリックすると、アプリケーションを含むポップアップ・ウィンドウが画面に表示されます。

  5. スクリプトまたはアプリケーションでデータ・セットのデータを使用できます。 対応しているデータセットの形式には、テキスト、 CSV、 SPSS、SAS、およびStataが含まれます。 プロジェクトに既にインポートされているデータ資産を使用するには、 「環境」 タブで 「データ・セットのインポート」 をクリックするか、 「ファイル」 をクリックして userfs/assets/data-assetの下のファイルを参照するか、右下の「データ」パネルで 「アップロード」 をクリックしてローカルにアップロードします。 編集パネルでデータ資産をプレビューできます。

    注：RStudio では、5 MB を超えるデータセットはプレビューできません。

  6. ファイルの準備ができたら、変更を Git リポジトリーにプッシュします。

    • メイン編集パネルのメニュー・バーから Git バージョン管理メニューをクリックする。

      1. 「コミット (Commit)」 をクリックして、 Git リポジトリーにプッシュする変更済みファイルをすべて選択します。
      2. RStudio セッションで、変更の説明を追加し、ステージングされた変更をリポジトリのローカルクローンにコミットしてください。
      3. 「プッシュ」 をクリックして、変更をリモート・リポジトリーにプッシュします。このリポジトリーでは、他のユーザーが変更を表示したりアクセスしたりすることができます。
      4. Git アクション・パネルで 「プル」 をクリックすることで、コラボレーターによって行われたファイル変更をリポジトリー・クローンにプルすることもできます。

    • プロジェクトのアクション・バーから Git アイコンを選択します。

      1. メニューから コミット をクリックします。
      2. 説明を追加し、プロジェクト用に選択した Git リポジトリー・ブランチを選択し、ファイルを選択して変更をコミットします。
      3. Git メニューから プッシュ をクリックして、コミットをリポジトリーにプッシュします。

    Git リポジトリからプッシュされたRファイルは、プロジェクトの「 Assets 」ページにアセットとして追加されません。 「アセット 」ページで 「ローカルブランチを表示」 を選択し、 「新しいコードジョブ 」ボタンをクリックすると、それらのファイルに対して実行するジョブを作成できます。

共有証明書の使用

デフォルトの Git 統合が設定されているプロジェクトでは、 RStudio IDEで共有CA証明書、カスタムCA証明書、およびプラットフォームレベルのCA証明書を使用できます。 管理者は、複数のユーザーが複数のサービスを利用する際に同じ証明書を使用できるように、カスタムプラットフォームレベルの証明書を Kubernetes のシークレット（secret cpd-custom-ca-certs ）として一元管理された場所にインストールします。 RStudio IDEの起動時にこの秘密鍵が自動的に読み込まれるため、これらの証明書に自動的にアクセスできるようになります。 詳細については、 「共有カスタム証明書を保存するためのシークレットの作成」 を参照してください。

中間 .rda ファイルの保管

watsonx でインストールされた任意のストレージボリュームに、中間ファイル（例 .rda ：ファイルや .md ログ、テキストファイルなど）を保存することができます。 このストレージボリュームは、 RStudio セッションが開始された時点で自動的にマウントされます。 これにより、すべてのプロジェクト・コラボレーター、および R Shiny アプリケーションまたは R スクリプトを実行するジョブで、これらのファイルにアクセスできます。

ストレージ・ボリュームの使用について詳しくは、 ストレージ・ボリュームの管理を参照してください。

データ・ファイルの処理

RStudio では、さまざまなソースからのデータファイルを扱うことができます：

RStudio のUIにある「ファイル」ビューから、以下の操作を行うことができます：

  • userfsRStudio ファイルとRスクリプト RStudio ファイルとRスクリプトは、という名前のディレクトリに保存されています。

    userfsデータファイルを の直下に追加した場合、これらのファイルはプロジェクト内のデータアセットとして表示されず、 RStudio で開いてプレビューすることもできません。 また、これらのデータファイルを Watson Studio ツール（例えば Data Refinery など）で使用したい場合は、ファイルをプロジェクトのデータアセットとして追加する必要があります。「 データファイルをプロジェクトアセットとして追加する 」を参照してください。

  • プロジェクト・データ資産

    データ資産は、 userfsの下の assets/data_asset というディレクトリーにリストされます。 これらのアセットは、 RStudio で開いて表示し、編集することができます。 このディレクトリーに通常のファイルを追加した場合、そのファイルはデータ資産としてプロジェクトに自動的に追加されません。 ファイルをデータ資産としてプロジェクトに追加するには、 プロジェクト資産の追加を参照してください。 ファイルをプロジェクトのデータアセットとして追加すると、 Watson Studio 内の「Data Preview」、「 Data Refinery 」、または「 SPSS Modeler 」などのさまざまなツールで使用できるようになります。

    接続されたデータ資産を開いて表示することはできません。また、接続されたデータ資産を assets/data_asset ディレクトリーに入れることはできません。 接続されたデータ資産には、 RStudio 内のRスクリプトからのみ、プログラム経由でアクセスできます。 現在、 RStudio ではこの ibm-watson-studio-lib ライブラリを使用できません。

  • userfsの下のサブディレクトリー内のファイル

    RStudio セッションのローカルファイルシステム内の 配 userfs 下に作成したファイルは、永続化されます。 たとえば、 RStudio を終了し、別の日に再起動すると、以前のセッションのファイルがすべて表示されます。

データのロードとアクセス

計算エンジン・タイプごとのデータ・ロード・オプション

計算エンジン・タイプごとのデータ・ロード・オプション
データ・ロード・オプション Anaconda R 分布 R + スパーク
sparkSessionDataFrame にデータを読み込む ✓
R データ・フレームへのデータのロード ✓ ✓

RStudio にデータを直接読み込むコードを生成する

ローカル・ファイルからのデータのロード

ローカルファイルのデータを RStudio に挿入するコードを生成するには：

  1. 「 コードスニペット 」アイコン 「コード・スニペット」アイコン をクリックし、次に 「データを読み込む」 をクリックします。
  2. プロジェクトからデータ・ソースを選択し、 「クリップボードにコピー」を選択します。
  3. コードを「 RStudio 」ファイルのエディタに貼り付けてください。

サポートされるファイル・タイプ:

  • CSV /区切り文字付きファイル
  • Excel ファイル (.xls、.xlsx、.xlsm)
  • JSON ファイル
  • SAS ファイル

データ・ソース接続からのデータのロード

IBM データ・サービスまたは外部データ・ソースからデータをロードする前に、プロジェクトへの接続を作成または追加する必要があります。 プロジェクトへの接続の追加を参照してください。

RStudio へのデータベース接続からデータを挿入するコードを生成するには：

  1. 「 コードスニペット 」アイコン 「コード・スニペット」アイコン をクリックし、次に 「データを読み込む」 をクリックします。
  2. プロジェクトから接続を選択します。
  3. 接続からデータ・ソースを選択し、 「クリップボードにコピー」を選択します。
  4. コードを「 RStudio 」ファイルのエディタに貼り付けてください。 生成されたコードは、データ・セットまたは接続の処理を開始するためのクイック・スタートとして機能します。 実動システムの場合は、挿入されたコードを慎重に検討して、ニーズにより適した独自のコードを作成する必要があるかどうかを判断してください。
  5. 鍵アイコン必要に応じて、 鍵のアイコンが付いているロックされたデータ接続に対して、個人の認証情報を入力してください。 これは、接続を永続的にアンロックする一回限りのステップです。 接続をアンロックすると、キー・アイコンは表示されなくなります。 プロジェクトへの接続の追加を参照してください。
  6. 接続用のコードを生成できない場合は、資格情報をロードして、資格情報を参照するデータベース接続を開きます。 データをロードするためのコードを作成します。

RStudio Jupyter Notebookと同じデータベース接続に対応しています。 詳しくは、 ノートブックでのデータ・ロード・サポートを参照してください。

プロジェクト資産としてのデータ・ファイルの追加

RStudio で使用するデータファイルは、プロジェクトの「 アセット 」ページにある 「アセットをプロジェクトにアップロード 」アイコン 「資産をプロジェクトにアップロード」アイコン をクリックしてアップロードしてください。これにより、これらのファイルは自動的にプロジェクトのデータアセットとして追加されます。

ただし、 RStudio でデータファイルをアップロードまたは作成した場合は、これらのファイルをプロジェクトデータアセットとしてプロジェクトに追加することができます。 これらのファイルは、 RStudio 内の assets/data_asset フォルダに配置する必要があります。 これらのファイルをデータ資産としてプロジェクトに追加するには、以下のようにします。

  1. プロジェクトの「資産」ページで、 「資産のインポート」をクリックします。
  2. 「プロジェクト・ファイル」 と、資産としてプロジェクトに追加する project_data_assets フォルダー内のファイルを選択します。

ジョブとしての R スクリプトの実行

このスクリプトは、 Watson Studio 上の RStudio 環境、またはリモートの Hadoop クラスターでジョブとして実行できます。 以下を参照してください。

  • RStudio 環境でRスクリプトを実行するジョブを作成するには、 「コードベースのジョブの作成」 を参照してください。

  • Hadoop クラスター上で R スクリプトを実行するジョブを作成するには、R スクリプトと R スクリプトをサポートする Hadoop クラスターが必要です。 さらに、構成ファイルを変更して、 Hadoop クラスター上でこの機能を有効にする必要があります。 詳しくは、「 JSON ファイルの内容の詳細 」の「 Apache Hadoop クラスターの管理」サブセクション scriptLanguages を参照してください。 R スクリプトに必要なすべてのライブラリーがクラスター上で使用可能でなければなりません。

    Hadoop クラスターでジョブを実行するには、最初に Hadoop 環境を作成する必要があります。 この Hadoop Yarn 環境を作成した後、プロジェクトの 「ジョブ」 ページから R スクリプトのジョブを作成するときにその環境を選択できます。

Hadoop Yarn 環境の作成

  1. Watson Studio 管理者は、 Hadoop クラスター構成をプラットフォームに追加する必要があります。
    1. Watson Studioのホーム・ページのサンドイッチ・ボタンからドロップダウン・メニューを開き、 「プラットフォームの構成」をクリックします。
    2. 「登録の追加」 をクリックして、 Hadoop クラスターをプロジェクトの構成に追加します。
  2. 次に、プロジェクトに移動し、 環境 ページをクリックします。 新規テンプレート をクリックして、カスタム環境を作成します。
  3. カスタム環境に名前を付けた後、環境タイプとして Hadoop を選択します。
  4. 使用する Hadoop 構成を選択します。
  5. 特定の R スクリプトでは Yarn を使用する必要があるため、R スクリプト用にセットアップされた Hadoop クラスターは Yarn を使用できる必要があります。 クラスターが正しくセットアップされている場合は、 「実行タイプ」 というフィールドが表示されます。このフィールドで、ユーザーは実行タイプとして Yarn を選択できます。 「実行タイプ」のオプションが表示されない場合は、R 環境をサポートするように Hadoop 管理者が Hadoop クラスターおよび構成ファイルをセットアップしていない可能性があります。 Hadoop 側でセットアップが完了したら、実行タイプ・オプションが使用可能になる前に、管理者が Hadoop 登録をリフレッシュする必要があります。 「Yarn」を選択して R スクリプトを実行できます。
  6. 言語、Yarn サイズ、および Yarn コンテナー・メモリーを選択します。 これらのフィールドは、管理者の設定によって制限されます。
  7. 「作成」 をクリックして、環境の作成を完了します。
  8. 「環境」 ページで環境をクリックすることにより、後でカスタム環境のデフォルト設定を変更できます (例えば、Yarn コンテナーのメモリーを増減できます)。

スペースへのスクリプトのデプロイ

デフォルトの Git 統合を使用するプロジェクトからデプロイメント・スペースに資産を移動するには、以下のようにします。

  1. Git プロバイダーのユーザー・インターフェースで Git アーカイブ・ファイル (特定のブランチまたはタグからのリポジトリーの内容を含む ZIP ファイル) を作成します。
  2. この ZIP ファイルを既存のデプロイメント・スペースにインポートしています。

その結果、 RStudio を使用して作成したすべてのコードファイルを含む「コードパッケージ」アセットが作成されます。 既存のデプロイメント・スペースへのスペースおよびプロジェクトのインポートを参照してください。

プロンプトの処理

watsonx.ai サービスがクラスターにインストールされている場合は、特定のモデルのさまざまなサンプル・プロンプトを R コードに追加できます。 「コード・スニペット」アイコンサンプルプロンプトを追加するには、 コードスニペットアイコンをクリックし、 「プロンプトエンジニアリング」 を選択して、さまざまなカテゴリからサンプルプロンプトを探してください。 プロンプトを選択したら、 「クリップボードにコピー」 をクリックし、そのコードを RStudio のファイルエディタに貼り付けてください。

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