FastBackのリポジトリーはFastBackマネージャーの各種ウイザードを使用して定義しますが、
ローカル・リポジトリーの場合は同じディスクであっても定義の方法には①ディスク ②フォルダーの２種類あります。
(ほかにNASやSAN上のリポジトリーなども可能です。くわしくはこちらへ。)

両者の定義の仕方の比較

比較軸	ディスク	フォルダー
定義前のディスクの状態	ディスクを初期化したままの状態	ディスクを初期化したあと、Windowsのウイザードで 1) パーティションを作成 2) ドライブ文字を割り当て 3) フォーマット を行った状態
ウイザードでの見え方	「Disk」を選びます	「ボリューム」を選びます
定義直後の動き	選択したディスクが自動的にNTFSにフォーマットされ、 適当なドライブ文字が割り当てられた後にリポジトリーが作成されます。	割り当てられたドライブ上にリポジトリーが作成されます。
FastBackマネージャでの見え方	「ファイル･システム」欄が「 NTFS 」になっています。	「ファイル･システム」欄が「 FOLDER 」になっています。
その他	リポジトリーの共用名はFB_REP_OF_Eのようなドライブ文字を含んだ形式になります リポジトリー上の制御ファイルにFXSignatute.txtが存在しません	リポジトリーの共用名はFB_REP_OF_9d6ec80のようなディスクのシグニチャーをを含んだ形式になります

どう違うのか?

こちらの Types of repositories の箇所に利点・欠点の比較があります。